Seorang nelayan yang misterius yang menjadi target pelarian Michael. Siapa sebenarnya Whistler dan mengapa The Company menginginkannya? misteri ini menjadi plot twist utama season ini.
Di sisi lain, Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies) dan LJ (anak Lincoln) diculik oleh The Company. Kesepakatan pun dibuat: "Bebaskan Whistler (seorang tahanan misterius di Sona), maka Sara dan LJ akan selamat." Prison Break Season 3 Sub Indo